分子圖形軟件UCSF Chimera

UCSF Chimera是一款專業(yè)的分子結(jié)構(gòu)分析模擬軟件，這款軟件主要用于分子結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的交互式可視化和分析。UCSF Chimera可以幫助科研人員生成高質(zhì)量的分子圖像和動(dòng)畫，軟件提供了密度圖,超分子組合,順序排列,對(duì)接結(jié)果,軌跡和構(gòu)象ensemble等功能，推薦有需要的用戶下載使用。

主要功能：

1、強(qiáng)大的軸、平面和質(zhì)心功能，軸可以表示為圓柱體，平面表示為圓盤，質(zhì)心表示為球體，這些都可以用于距離和角度測(cè)量。
2、體積數(shù)據(jù):可以顯示三維電子和光學(xué)顯微鏡數(shù)據(jù)、x射線密度圖、靜電勢(shì)和其他體積數(shù)據(jù)。
3、b因子著色:可以對(duì)結(jié)構(gòu)著色以顯示屬性值
4、篩選分子對(duì)接
5、通過保護(hù)著色
6、卷平面顯示
7、旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體

UCSF Chimera教程：

Side View允許交互式的縮放 (zooming)和clipping. 它顯示了一個(gè)結(jié)構(gòu)的微縮版本。在Side View中,試著用鼠標(biāo)左鍵移動(dòng)眼睛位置(小正方形)和clipping 平面(豎直線)。Side View會(huì)在移動(dòng)后使之重新正�；�。結(jié)果使得眼睛或者 clipping plane 位置可能看起來 "彈回去了," 但是你的調(diào)整已經(jīng)生效了。

試著在窗口中用鼠標(biāo)移動(dòng)結(jié)構(gòu). 默認(rèn)情況下,左鍵按鈕控制旋轉(zhuǎn),鼠標(biāo)中建控制XY平面平移。按照本教程需要,在圖形窗口和Side View中用鼠標(biāo)連續(xù)移動(dòng)和縮放結(jié)構(gòu)。

把鼠標(biāo)光標(biāo)停在一個(gè)原子或者鍵上面(不要點(diǎn)擊任何鍵),將會(huì)在一個(gè)冒出的“氣球”中顯示標(biāo)識(shí)信息,當(dāng)光標(biāo)移走后,氣球就會(huì)消失。

在Chimera中, selection指定原子、鍵、殘基等等.用于在動(dòng)作菜單(Actions menu)中接下來的操作。selection的方法包括使用Select menu或者從屏幕中選取。Actions menu應(yīng)用于選擇的部分,但是當(dāng)什么都不選擇時(shí), Actions menu應(yīng)用于所有原子。

隱藏水分子(紅點(diǎn)):

Select... Structure... solvent

Actions... Atoms/Bonds... hide

另外一種選擇水分子的方法,使用Select... Residue... HOH. 即使水分子被隱藏,其實(shí)仍舊被選定。

取消選擇,只顯示主鏈輪廓(chain trace)

Select... Clear Selection

Actions... Atoms/Bonds... backbone only... chain trace

鏈的輪廓只包括α-碳原子 (原子名稱: CA), 以殘基連接相同的方式連接。

默認(rèn)情況下, 當(dāng)按下Ctrl鍵,同時(shí)用鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)擊你感興趣的原子或者鍵。要添加到已經(jīng)存在的選擇,需要同時(shí)按下Shift鍵。試著選擇兩個(gè)原子,每一個(gè)來自不同肽鏈(首先,ctrl-點(diǎn)擊第一個(gè),然后, Ctrl-Shift-點(diǎn)擊第二個(gè)). 選擇的原子用綠色標(biāo)記。其內(nèi)容會(huì)在主窗口的右下角的按鈕上報(bào)告。

標(biāo)記你已經(jīng)選擇的原子。首先用原子名稱,然后用殘基名稱和序號(hào)。