Vector NTI序列比對軟件

Vector NTI序列比對軟件，Vector NTI是一款生物技術(shù)研發(fā)功能型軟件，能幫助檢測基因序列，進(jìn)行相關(guān)項目的分析，Vector NTI目前廣泛應(yīng)用于生物科技領(lǐng)域，方便研發(fā)人員對序列進(jìn)行分析演算。本次帶來Vector NTI最新版PC客戶端資源下載，軟件安裝包內(nèi)附有詳細(xì)的教程說明，歡迎廣大用戶朋友們下載體驗(yàn)。

Vector NTI特色

從AlignX出口分子

在文本窗格中選定的分子可以出口到GenBank、EMBL(GenPept蛋白質(zhì))(SWISS-PROT蛋白質(zhì))，或?yàn)樵�序列fasta文件。若要將分子導(dǎo)出到外部文件，請選擇項目>導(dǎo)出分子，并在“文件保存”對話框中選擇文件類型。

得分矩陣-- AlignX

設(shè)計成對序列比對評估的所有算法都是基于將分?jǐn)?shù)分配給對齊殘基的系統(tǒng)，檢測不同序列之間的相似性。眾所周知，某些氨基酸在其他相關(guān)蛋白質(zhì)中很容易被其他氨基酸取代，這可能是因?yàn)樗鼈兙哂邢嗨频睦砘�性質(zhì)。根據(jù)氨基酸被替換為原始?xì)埢�的相似性，這些“替換”被分配在矩陣中顯示的分?jǐn)?shù)。在對齊分?jǐn)?shù)上相同或相似的殘留物比那些不太相似的殘留物高

比對pcr分析報告

當(dāng)搜索完成時，如果您在結(jié)果選項卡上檢查了生成報告選項，則對齊PCR報告預(yù)覽窗口顯示分析結(jié)果。比對PCR分析報告對話框的外觀和功能類似于多重PCR分析報告對話框。

關(guān)于點(diǎn)陣

點(diǎn)陣分析主要是比較兩個序列來尋找所有可能的殘基匹配的方法。該方法還可用于蛋白質(zhì)和DNA序列中的直接或反向重復(fù)序列。它可以預(yù)測RNA中自我互補(bǔ)的區(qū)域，從而形成雙鏈區(qū)或二級結(jié)構(gòu)。

分析bioannotator

bioannotator是一套全面的蛋白質(zhì)和核酸序列分析工具，超過五十種不同的預(yù)定義的蛋白表與特征映射和序列提供。bioannotator還提供以下先進(jìn)的搜索和分析工具，它是運(yùn)行在分析監(jiān)控：PROSITE，Pfam，塊和蛋白水解裂解。

通過Web執(zhí)行分析

Vector NTI使得它很容易把你的alignx數(shù)據(jù)直接到公共網(wǎng)站已經(jīng)建立了一個分子的三維結(jié)構(gòu)，比較它與其他分子，特定功能的搜索，或進(jìn)行基因預(yù)測，等等。

Vector NTI功能

分析GenomBench

genombench是Vector NTI提前的基因組項目的主力。genombench可以容納一個堿基的基因組片段，可以檢索從兼容的系統(tǒng)兼容的服務(wù)器上的數(shù)據(jù)，例如UCSC和Ensembl。它提供了瀏覽和查詢這些網(wǎng)站使用關(guān)鍵詞，界面兩側(cè)標(biāo)記，BLAT(UCSC數(shù)據(jù)庫)或SSAHA(的)。genombench還提供以下先進(jìn)的搜索和分析工具，它是運(yùn)行在分析監(jiān)控

對分子序列的操作

我們以一個DNA序列為例，進(jìn)行一系列的常規(guī)分析;最后將此DNA序列翻譯成氨基酸序列，并對此氨基酸序列進(jìn)行各種分析。

對齊顯示設(shè)置——Consensus Calculation Tab

一致性序列是一個理論上有代表性的核苷酸序列，其中每個核苷酸代表在同一位點(diǎn)上在同一位點(diǎn)上經(jīng)�？吹降臍埢�，或由其他標(biāo)準(zhǔn)選擇。“對齊設(shè)置”對話框中的“一致性計算”選項卡指定如何以對齊方式計算對齊窗格中作為底部序列的一致序列。

以點(diǎn)擊作為特征輸出查詢分子

當(dāng)您導(dǎo)出查詢顯示為特征的分子打成。GFF文件，使用點(diǎn)擊功能GFF文件命令導(dǎo)出查詢分子保存。GFF文件到外部位置(硬盤、軟盤、網(wǎng)絡(luò)等)。你可以打開一個。在一個Vector NTI分子視窗GFF文件并將其保存到Vector NTI數(shù)據(jù)庫，如果需要的話。。GFF文件提供一個共享查詢爆破方法打信息與其他Vector NTI用戶分子格式。

模擬電泳

模擬電泳是指對DNA片段進(jìn)行酶切分析后，通過電腦模擬電泳過程，將酶切片段分離。該功能有利于評估電泳時間，便于驗(yàn)證實(shí)際電泳結(jié)果的好壞。

簡單使用說明

（一）導(dǎo)入外源序列的方法

點(diǎn)擊Project菜單中Add Files命令，選擇需要比較的序列文件，點(diǎn)擊打開按鈕，確認(rèn)是DNA/RNA還是Protein Sequence后，點(diǎn)擊Import按鈕就可以完成序列的導(dǎo)入任務(wù)。

（二）以演示Project來講述AlignX的使用

1．選擇Project菜單Open命令，找到Vector NTI的Demo Projects文件夾，打開DNA.apr文件；

2．在文本窗口中，使用鼠標(biāo)左鍵雙擊任一文件名，就可以得到該文件的所有基本信息；

3．建立一個新的比較策略并進(jìn)行比較：

①在文本窗口中，按住Ctrl鍵選中四個序列：AF××××

②點(diǎn)擊Alignment菜單中Alignment Setup命令，出現(xiàn)Alignment Setup對話框，在此對話框中有30個選項來確定最終比較結(jié)果展示方式，這里我們使用默認(rèn)值即可。

③點(diǎn)擊Alignment菜單中的Align Selected Sequence命令，片刻后程序完成比較并給出結(jié)果和進(jìn)化樹；

④在View菜單中，我們可以通過Edit Alignment命令來編輯比較結(jié)果，使用Display Setup命令來改變結(jié)果的展示方式和顏色等。

4．結(jié)果的導(dǎo)出：

①進(jìn)化樹的導(dǎo)出：激活進(jìn)化樹窗口，點(diǎn)擊工具欄中的Export Tree按鈕即可將進(jìn)化樹保存為.Ph文件，并可被其他樹編輯軟件所識別�；蛘唿c(diǎn)擊Edit菜單中的Camera命令，將圖像保存到剪貼板后在Word等文檔編輯軟件中粘貼；

②序列比較結(jié)果的導(dǎo)出；點(diǎn)擊Project菜單中的Export MSF Format命令，將結(jié)果保存為.msf文件后，用GeneDoc打開進(jìn)一步進(jìn)行編輯和修飾。