FlowJo是一款專業(yè)的流式細(xì)胞分析軟件,這款軟件是流式領(lǐng)域最受推薦的一款專業(yè)分析軟件,適合醫(yī)學(xué)類的學(xué)生使用。軟件能夠幫助用戶輕松了解了解細(xì)胞的狀態(tài)變化, 擁有流動(dòng)室和液流驅(qū)動(dòng)系統(tǒng),光電轉(zhuǎn)換器和數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)等先進(jìn)的科學(xué)技術(shù)。
軟件特色:
1.單標(biāo)樣本
單標(biāo)記樣本數(shù)據(jù)常用的顯示方式是單參數(shù)直方圖。通常橫坐標(biāo)可以是線性標(biāo)度或?qū)?shù)標(biāo)度,代表著所檢測的熒光或散射光的強(qiáng)度;縱坐標(biāo)表示的是橫坐標(biāo)某一特定熒光強(qiáng)度的細(xì)胞數(shù),有時(shí)也用相對(duì)百分比來表現(xiàn)。
以3 color comp 文件夾中的CyPE comp.fcs進(jìn)行分析演示。將此文件夾移至桌面,并把該數(shù)據(jù)文件夾從桌面拖入Flowjo中的組空間中。
在組空間中單擊選中“3 color comp”組,此時(shí)在樣本空間里顯示“3 color comp”組中的所有樣本。而后在樣本空間中雙擊“Cy5PE comp.fcs”,出現(xiàn)圖形窗口。
此為二維點(diǎn)圖,X軸選擇SSC(側(cè)向散射,細(xì)胞內(nèi)顆粒結(jié)構(gòu)越復(fù)雜,質(zhì)量越大,SSC越大,反之越小。)Y軸選擇FSC(前向散射,細(xì)胞越大,F(xiàn)SC越大;反之越小。)
選擇設(shè)門工具(矩形門、橢圓門、多邊形門、自動(dòng)門)中的任意一個(gè),在二維點(diǎn)圖中選中淋巴細(xì)胞。
在圖形窗口中雙擊選中的淋巴細(xì)胞,生成新的圖形窗口。在X軸選擇Cy5PE:CD4,Y軸選擇Histogram,選擇設(shè)門工具(區(qū)域門、雙分門)中任意一個(gè),在單參數(shù)直方圖中設(shè)門。
2.多色標(biāo)樣本
多色標(biāo)記樣本,包含雙標(biāo)記、三標(biāo)記及以上的樣本。橫坐標(biāo)和縱坐標(biāo)分別代表與細(xì)胞有關(guān)的兩個(gè)獨(dú)立參數(shù),平面上的每一個(gè)點(diǎn)表示具有相應(yīng)坐標(biāo)值的細(xì)胞。
以三標(biāo)記樣本為例,選擇3-color-experiment文件夾中的931115-B02-Sample01.FCS進(jìn)行分析演示。同樣,在在樣本空間中雙擊“931115-B02-Sample01.FCS”樣本,出現(xiàn)圖形窗口,顯示為二維點(diǎn)圖。X軸選擇FSC,Y軸選擇SSC。然后選擇多邊形設(shè)門工具,在二維點(diǎn)圖中選中淋巴細(xì)胞。
雙擊淋巴細(xì)胞門,出現(xiàn)圖形窗口,X軸選擇Fluor::CD3,Y軸選擇FSC。使用矩形設(shè)門工具選中CD3陽性細(xì)胞,設(shè)門并命名為T細(xì)胞。
雙擊T細(xì)胞門,出現(xiàn)圖形窗口,在X軸選擇Cy5PE::CD4,Y軸選擇PhyEry::CD8,使用十字門工具設(shè)門(拖動(dòng)鼠標(biāo)將四分門移到目標(biāo)位置即可,一般根據(jù)細(xì)胞分群的趨勢,四分門的界定線可設(shè)在陰性、陽性細(xì)胞的分群處),如下圖所示:
Q1:CD8單陽性細(xì)胞,為CD8+ T細(xì)胞
Q2:雙陽性細(xì)胞
Q3:CD4單陽性細(xì)胞,為CD4+ T細(xì)胞
Q4:雙陰性細(xì)胞
3.細(xì)胞凋亡(Cell apoptosis)
拖入凋亡樣本,雙擊原始數(shù)據(jù)打開圖形窗口。X軸選擇FSC-A,Y軸選擇SSC-A。分析凋亡的細(xì)胞選擇上圖所示的細(xì)胞群體進(jìn)行分析。細(xì)胞碎片不予分析。
在SSC/FSC圖中雙擊“分析的細(xì)胞群體”,X軸選擇FITC,用來表示AnnexinV-FITC。Y軸選擇PE-Texas,用來表示PI。用四分門設(shè)門工具界定活細(xì)胞和凋亡細(xì)胞。如下圖所示:
Q1:(AnnexinV-FITC)-/PI+,此區(qū)域的細(xì)胞為壞死細(xì)胞。也可能有少數(shù)的晚期凋亡細(xì)胞在其中,甚至機(jī)械損傷的細(xì)胞也包含其中。
Q2: (AnnexinV+FITC)+/PI+,此區(qū)域的細(xì)胞為晚期凋亡細(xì)胞。
Q3:(AnnexinV-FITC)+/PI-,此區(qū)域的細(xì)胞為早期凋亡細(xì)胞。
Q4:(AnnexinV-FITC)-/PI-,此區(qū)域的細(xì)胞為活細(xì)胞。
通常統(tǒng)計(jì)細(xì)胞凋亡率時(shí)采用Q2+Q3,晚期凋亡+早期凋亡群(即所有AnnexinV陽性群)。
4.細(xì)胞周期(Cell Cycle)
細(xì)胞周期的檢測是流式細(xì)胞儀最為廣泛的應(yīng)用之一。細(xì)胞周期是指以有絲分裂方式增殖的細(xì)胞從親代分裂結(jié)束到子細(xì)胞分裂結(jié)束所經(jīng)歷的過程。通常由G1期、S期、G2期和M期組成。細(xì)胞在G1期完成必要的生長和物質(zhì)準(zhǔn)備,在S期完成染色體DNA的復(fù)制,在G2期進(jìn)行必要的檢查和修復(fù),以保證DNA復(fù)制的準(zhǔn)確性。在M期完成遺傳到子細(xì)胞中的均等分配,使細(xì)胞進(jìn)行分裂。
細(xì)胞周期檢測中PI最為常用。PI為插入性核酸熒光染料,能選擇性的嵌入核酸DNA和RNA雙鏈螺旋的堿基之間與之結(jié)合,其結(jié)合的量與DNA的含量成正比例關(guān)系,用流式細(xì)胞儀進(jìn)行分析,就可以得到細(xì)胞周期各個(gè)階段的DNA分布狀態(tài),從而計(jì)算出各個(gè)期的百分含量。
以cell cycle 文件夾中的5206.001,PI標(biāo)記為例,設(shè)門選取目標(biāo)細(xì)胞群體,將細(xì)胞碎片排除在外。即雙擊工作臺(tái)中的5206.001樣本,打開圖形窗口。X軸選擇FSC-H,Y軸選擇SSC-H,細(xì)胞碎片位于左下角的位置,設(shè)門選中目標(biāo)細(xì)胞,如下圖:
設(shè)門選中要進(jìn)行細(xì)胞周期分析的單細(xì)胞群體,排除粘連細(xì)胞(粘連在一起的雙細(xì)胞或多細(xì)胞團(tuán)塊等)的影響。X軸選擇FL2-W(width),Y軸選擇FL2-A(area),設(shè)門方式如下圖:
BD的流式儀采集的數(shù)據(jù):在進(jìn)行周期分析的時(shí)候,通常是采用FL2-A與FL2-W(或者FL2-A與FL2H)進(jìn)行設(shè)門。
Beckman的流式儀采集的數(shù)據(jù):X軸選擇FL3-LIN,用來表示PI的線性信號(hào)。Y軸選擇FL3-PEAK,用來表示PI的峰值信號(hào)。設(shè)門方式如下圖:
在FlowJo工作臺(tái)中選中“單細(xì)胞群體”這個(gè)節(jié)點(diǎn),在菜單欄的“工具”中選擇“細(xì)胞周期”,打開周期分析窗口。得到G1期、S期、G2期細(xì)胞百分比,G1期CV值和G2期CV值等數(shù)據(jù)。
圖中粉色的曲線是周期擬合的模型曲線,黑色的為樣本曲線。理想狀況是粉色和黑色曲線吻合一致為最佳。擬合的好壞可以根據(jù)右邊的RMS值來判斷。RMS(root mean square error)值越小越好,當(dāng)周期擬合的不好的時(shí)候,可以通過更換擬合模型(Watson和Dean-Jett-Fox)或者更改限制條件確保(G1是G2的兩倍)進(jìn)行調(diào)整。
軟件特色:
階梯式設(shè)門
圖像呈現(xiàn)法
多種設(shè)門工具
強(qiáng)大的批量處理功能
多種分析平臺(tái)及工具
熒光補(bǔ)償
靈活方便的數(shù)據(jù)導(dǎo)出